Кирилл Юдин, теперь я понял.
Извиняюсь, после того, как перетестировал - действительно вижу, что файл не добавляется в список недавних. Исправлю этот недочёт.
Теперь по поводу танцев с бубнами. Смотрите для проекта есть вот что:
1. Название сценария.
2. Название файла.
Название сценария задаётся во вкладке данные или в диалоге экспорта на титульной странице:
При "сохранить как" у вас сохраняется другой файл, но название сценария в него копируется из старого, именно поэтому у вас несколько файлов с одним и тем же названием, но обратите внимание у всех из них разные пути, т.е. это разные файлы
Теперь, если стереть название сценария из вкладки данные,
и сохранить проект, названием станет название самого файла.
У меня тут не очень репрезентативно, меняется лишь первая буква, но думаю суть ясна.