Да, и очень желательно, чтобы все пометки обозначались условным значком в окне навигации. Примерно вот:
так.jpg
В Софокле стикером обозначается заметка (автоматически появляется значок в навигаторе напротив названия сцены, где создана пометка (непечатный текст)
А флажком - просто метка. Например поставил метку напротив чего-то важного и очевидного, не нуждающегося в пояснениях. Потом всё расписал и смотришь, где забыл что-то подправить. Шёлкнул по метке - оказался там, где ставил метку, исправил, что надо и метку удалил.
То же и с заметками.
Но можно оставить только вариант с заметкой. Но это очень важно для работы, чтобы ничего не забыть и иметь возможность, например, отложить какую-то сцену, пока собираешь или уточняешь материал для неё.