В убунту была добавлена такая функция разрабами - возможность запуска на винде поверх оной. Они, в принципе, нормально совместимы. И могут и таким образом работать - как бы одна без жёсткого взаимодействия с другой, да. Потом они вообще извратились и запихнули убунту внутрь винды-10, создав этакий гибрид или что-то вроде. Хз, зачем это было надо, но факт - майкрософт и разработчики убунту работали вместе над проектом на базе десятки:
https://habr.com/post/280560/